『機動戦士ガンダム一年戦争』で遊ぶためのメインとなるモードです。機動戦士ガンダムの主人公、アムロ・レイとして原作の物語に沿って１〜２８までの各ミッションをプレイします。【ノーマル】か【ハード】のどちらか一方の難易度を選んで、ゲーム開始となります。

　このゲームでは原作に登場した一部の場面が再現され、プレイヤーには任務が課されます。何をすれば良いかはプレイする前の情報画面で確認でき、条件を達成するとミッションクリアとなります。その後、リザルト画面が表示され、撃破した敵の数やクリアまでにかかった時間、得点、総合評価など成績の確認ができます。操作するモビルスーツや護衛している味方のヒットポイントが０になったりするとそのミッションは失敗となり、改めて再挑戦することになります。

　なお、プレイヤーが操作するコントローラーは独特の操作方法なので、初めてゲームをするときは難しいかもしれません。『機動戦士ガンダム一年戦争』ではトレーニングモードが用意されているので、ゲームを始める前にこちらで練習すると良いでしょう。

　フリーミッションモードは、好きなミッションを１つ選んでプレイすることができるモードです。このフリーミッションモードでプレイするには、あらかじめストーリーモードをクリアしておく必要があります。

　ストーリーモードと同様、ミッションをクリアするとリザルト画面が表示され、前回プレーしたときよりも成績が良ければデーターも更新されます。

　アーカイブではこれまでの成績を見たり、サウンドやムービー、登場したモビルスーツや兵器などの資料を見ることができます。プレイ成績を見るＣＯＭＢＡＴ　ＬＯＧではこれまでに達成したメモリアルアクションと、その発生条件も見られるので、取りこぼしがないか確認しておきましょう。

　オプションでは音楽や画面、ゲーム中の補助機能、コントローラーのボタンなどの設定を変更できます。

■コントローラーの設定
　ボタンの配列はあらかじめ用意されたＡ〜Ｈの８タイプの中から選ぶことになります。残念ながら用意されたものの中からしか選べないので、自分の好きなようにボタンの設定を変更することはできません。

■ゲーム中の設定
　ゲーム中の操作を補助する機能の設定ができます。補助のあったほうがプレイしやすい場合とそうでない場合があるので、自分の好みで設定しなおすとよいでしょう。